Um eine große Behörde wie das Bundesverwaltungsamt mit ihren vielfältigen Aufgaben effizient verwalten zu können, bedarf es einer mehrschichtigen Organisationsstruktur. Die Behördenleitung obliegt dem Präsidenten und seinen ständigen Vertretern, den beiden Vizepräsidenten. Ihnen unterstellt sind die Abteilungen. Diese bestehen teilweise aus mehreren Referatsgruppen, die sich ihrerseits in mehrere Referate gliedern.